|
|
|
Responsable:
Alexandre Brochard
Tél : 33+5 57 57 36 93
La plateforme bioinformatique du Neurocentre Magendie propose différentes compétences :
- Disposition et maintenance de ressources informatiques (Bases de données, programmes)
- Support (assistance, formation)
- Réalisation d’applications, mise en place de solutions existantes (logiciels libres) ou réalisation de travaux à façon
- Exemples d'applications: gestion et automatisation de traitement de données, annotation de banques d'EST, analyse et recherche de séquences biologiques, détection de SNP, BLAST à grande échelle, comparaison de génomes.
- Travaux déjà réalisés : application web base de données transcriptomique, développement de scripts adaptés aux besoins pour le logiciel d’acquisition de données d’électrophysiologie Spike2, bioanalyse des données Microarray et PCR (Excel, STATISTICA, Sigma Plot, recherche d’informations sur l'ontologie, le positionnement chromosomique, les voies métaboliques) ...
Présentation des outils:
|
L'outil GEASE est une application serveur base de données pour le stockage, la gestion et l'analyse à haut débit des données transcriptomiques (biopuces Microarray, qPCR).
Cette application propose également les fonctionnalités suivantes:
(i) stockage des données biologiques,
(ii) gestion et suivi des échantillons,
(iii) traitement des données de qPCR: représentation graphique des plans de plaques, normalisation (analyse Livak and Schmittgen, Pfaffl, GeNorm), comparaison (fold change), calcul statistique (utilisation automatisée du logiciel de statistiques R) et génération automatique de graphes,
(iv) intégration des relations inter-espèce (table d'orthologues importée à partir de la base de données NCBI HomoloGene),
(v) construction interactive de requêtes complexes modulant les cut-offs de foldchange et pvalue et combinant des critères avec des opérateurs logiques,
(vi) script d'annotation qui met à jour quotidiennement les identifiants des gènes (nom de gène, location chromosomique, ontologie, ...) à partir des banques de données publiques (NCBI, EMBL,KEGG),
(vi) analyse des résultats de puces MiRNA avec accés aux annotations croisées séquences MiRNA - Gès,
(vii) Génération de plots à partir des données.
Les principales nouveautés de notre système sont la possibilité de comparer des résultats de Microarray et qPCR et cela pour une ou plusieurs espèces et la détermination de liste de gènes d'intérêt complétées par des liens vers les banques de données publiques (classes fonctionnelles, location chromosomique, ...)
|
Suivi des échantillons
Gestion des plans de plaque
Normalisation PCR (méthode GeNorm)
Exemple de scatter plot
|
L'outil ANISE est une application serveur base de données permettant la gestion informatique de l'animalerie du Neurocentre Magendie:
- inventorier les animaux transgéniques hébergés et produits à l'animalerie (plus de 10 000 à ce jour)
- gérer les croisements de la cinquantaine de lignées utilisées par les 10 équipes de recherche présentes (suivi des accouplements et des naissances, génotypage des animaux, suivi généalogique, demande d'euthanasie)
- gérer la réservation des animaux en ligne, la demande de sortie en expérimentation par les utilisateurs des équipes
- générer automatiquement le registre des entrées et sorties des animaux et donc assurer le suivi et la traçabilité des animaux à tout instant.
|
Script Spike 2 pour l’acquisition et l'analyse de données d’électrophysiologie Spike2
Script Spike2 personnalisé pour la détection des bursts ...
... et le calcul et l'affichage des statistiques correspondantes
|
|
 |
